「两个凡是」提出不久，1977 年 4 月，尚未恢复领导职务的邓小平在给党中央的信中提出：「我们必须世世代代地用准确的完整的毛泽东思想来指导我们全党、全军和全国人民。」此后，他在不同场合多次批评「两个凡是」。陈云、叶剑英、聂荣臻、徐向前等老一辈革命家也反复强调实事求是的优良传统，抵制「两个凡是」的推行。
1977 年 7 月召开的党的十届三中全会决定恢复邓小平在 1976 年被撤销的全部职务。他在全会闭幕时的讲话中，进一步阐述了完整地、准确地理解毛泽东思想的问题，强调不能够只从个别词句来理解毛泽东思想，要善于学习、掌握和运用毛泽东思想的体系来指导我们的各项工作，这样才不至于割裂、歪曲毛泽东思想。
在与「两个凡是」的争论过程中，党内外不少同志强烈要求恢复和发扬党的实事求是的优良作风。1978 年 5 月 10 日，中央党校内部刊物《理论动态》发表经中央党校副校长胡耀邦审定的《实践是检验真理的唯一标准》一文。5 月 11 日，《光明日报》以特约评论员名义公开发表这篇文章，新华社向全国转发。
文章重申了「实践是检验真理的唯一标准」这个马克思主义认识论的基本原理，强调理论与实践相统一是马克思主义的最基本原则，一个理论是否正确地反映了客观实际，是不是真理，只能靠社会实践来检验。文章指出：社会实践不仅是检验真理的标准，而且是唯一的标准。马克思主义的理论宝库不是一堆僵死不变的教条。「四人帮」强加在人们身上的精神枷锁还远没有完全粉碎，对「四人帮」设置的禁区「要敢于去触及，敢于去弄清是非」。文章明确提出，不能拿现成的公式去限制、宰割、剪裁无限丰富的飞速发展的革命实践，应该勇于研究新的实践中提出的新问题。
文章一经发表便在广大干部群众中引起强烈反响，引发了关于真理标准问题的讨论。但是，由于文章的主题同「两个凡是」尖锐对立，并且触及盛行多年的思想僵化和个人崇拜现象，因此受到一些领导人的强烈指责。真理标准问题讨论面临着巨大压力。
在关键时刻，邓小平对这场讨论给予及时而有力的支持。1978 年 6 月 2 日，他在全军政治工作会议的讲话中着重阐述了毛泽东关于实事求是的观点，批评在对待毛泽东和毛泽东思想问题上「两个凡是」的错误态度，号召「一定要肃清林彪、『四人帮』的流毒，拨乱反正，打破精神枷锁，使我们的思想来个大解放」。 此后，《解放军报》《人民日报》《光明日报》等报刊连续发表文章，许多老一辈革命家也以不同方式支持或参与讨论。在邓小平等的大力支持下，中央各部门、地方和军队的负责人相继发表讲话或文章，表明支持的态度；理论界、学术界、新闻界更是踊跃参与，站到讨论的前沿。
「实践是检验真理的唯一标准」的提出和真理标准问题讨论，为党重新确立马克思主义的思想路线、政治路线和组织路线奠定了思想基础，是党的十一届三中全会实现伟大历史转折的思想先导。
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