其次是党在全国抗战初期的大发展时期，增加了约七十万新党员，他们大都出身于农民阶级和小资产阶级，思想大都有些局限性，对这些新党员进行必要的思想教育，成为亟待解决的问题。
最后是以毛泽东为核心的中共中央，总结历史经验，认识到党内的思想矛盾是会经常发生的，解决这些矛盾绝不能单纯依靠组织处分和采取压服的方法，而必须使党员群众和党的干部首先是高级干部，学会运用马克思列宁主义的立场、观点和方法来辨别是非，观察问题。为了达到这个目的，必须在党内进行一次普遍的、生动的、理论联系实际的、运用批评和自我批评方法的马克思主义教育运动。
1941 年 5 月，毛泽东在延安高级干部会议上作《改造我们的学习》的报告，深刻地论述了马克思列宁主义基本原理与中国革命具体实际相结合的原则，批判了主观主义作风，号召全党注重调查研究，树立理论和实际相统一的马克思主义学风。
9 月 10 日至 10 月 22 日，中共中央在延安召开政治局扩大会议（九月会议），通过检讨历史上和延安工作中的主观主义和宗派主义，初步统一了中央领导层的思想，为下一步的整风奠定了认识上的前提；会议决定在高级干部中开展整风，用理论与实践统一的方法，研究马列主义的思想方法和党的历史，以克服错误思想，提高党的高级干部的理论水平。
9 月 26 日，中共中央决定成立中央学习研究组，在各地成立高级学习组，学习党的六大以来的历史文件，研究六大以来党的历史，学习研究马列主义思想方法论，为全党普遍的整风做了重要准备。1942 年 2 月上旬，毛泽东作《整顿党的作风》和《反对党八股》的报告，全面阐明整风的任务和方针，整风运动在全党普遍开展起来。
全党普遍整风的内容是反对主观主义、宗派主义、党八股，以树立马克思主义的作风。方针是「惩前毖后，治病救人」。这是毛泽东同志在总结前期党内斗争教训的基础上提出的。这一方针后来被广泛继承和发扬，成为党处理内部矛盾的一个基本方针。
在深入总结历史经验的基础上，1944 年 5 月 21 日至 1945 年 4 月 20 日，中共中央在延安举行扩大的六届七中全会，原则通过了《关于若干历史问题的决议》，对党内若干重大的历史问题作出正确的结论，使全党尤其是党的高级干部对中国民主革命的基本问题的认识达到在马克思列宁主义基础上的一致。决议的通过，标志着整风运动胜利结束。