党的十二大后，在经济体制改革全面推进的背景下，科技体制改革随之提上日程。1985 年 3 月 2 日至 7 日在北京召开了全国科学技术工作会议。邓小平出席了闭幕会并发表讲话指出，现在要进一步解决科技和经济结合的问题。所谓进一步，就是说，在方针问题、认识问题解决之后，还要解决体制问题。
会后，中共中央颁布《关于科技体制改革的决定》（以下简称《决定》）。《决定》强调应当按照「经济建设必须依靠科学技术、科学技术工作必须面向经济建设」的战略方针，尊重科学技术发展规律，从我国的实际出发，对科学技术体制进行坚决的有步骤的改革。
改革的主要内容是：改革拨款制度，开拓技术市场；在对国家重点项目实行计划管理的同时，运用经济杠杆；改变研究机构与企业相分离等状况；大力加强企业技术吸收与开发能力和技术成果转化为生产的能力；扭转对科学技术人员限制过多、人才不能流动的局面等。《决定》的颁布标志着我国科技体制改革工作进入全面启动阶段。
在科技体制改革的推动下，我国的科技事业取得了一系列成果。其中最典型的就是「星火计划」的实施。「星火计划」是 1985 年 5 月国家科委向国务院送交的《关于抓一批「短平快」科技项目促进地方经济振兴的请示》报告中提出的。所谓「短平快」科技项目，是指那些开发研究周期短、与乡镇企业技术水平相适应、取得经济效益较快的技术开发项目。以这些项目作为「星火」，通过示范推广，造成振兴地方经济的燎原之势。
截至 1988 年年底，全国实施星火计划 3 年来共安排星火示范项目 13000 多项，累计投资 83 亿多元。已经完成 5100 多项，新增产值 112 亿元，创利税 36 亿多元，节汇创汇 16 亿多元，投入产出比为 1∶5。三年来「星火计划」向社会推出 100 多种适于乡镇企业采用的技术装备，武装了上百万家乡镇企业。星火计划已为农村培养了 397 万名技术骨干和经营管理人才，他们已成为农村致富榜样。「星火计划」的成功实施，为探索科学技术与农村生产相结合、推进实现农村现代化积累了有益的经验。除此之外，1986 年 11 月，中共中央和国务院还决定实施发展高新技术的「863」计划，为后来我国的科技事业奠定了坚实的基础。
我国科学技术事业的发展和对经济社会事业所产生的巨大推动作用，使邓小平对科学技术的认识进一步加深。1988 年 9 月 5 日，他在会见捷克斯洛伐克总统胡萨克时，指出：「马克思说过，科学技术是生产力，事实证明这话讲得很对。依我看，科学技术是第一生产力。」「科学技术是第一生产力」的论断由此产生，并很快在全国流传开来，重视科技、重视教育成为全国上下的共识，此后，我国的科技事业开始日新月异地发展起来。